La gestión de la Defensoría de la Niñez es asesorada por un Consejo Consultivo de carácter no vinculante, el cual está conformado por 3 representantes de la sociedad civil, 7 representantes de organizaciones de niños, niñas y adolescentes, y 3 representantes de universidades. En su composición no interviene el Ejecutivo, ni otros poderes del Estado, a fin de preservar el carácter autónomo de la entidad.